Läs på svenska. Read in English.

Bioinformaatikko ja aineistovastaava Binu on tutkijoiden oikea käsi, joka nauttii haasteista

Fin-HIT-tutkimuksessa on kerätty valtava määrä aineistoa vuodesta 2011 lähtien. Tuhannet lapset sekä heidän vanhempansa ovat täyttäneet kyselyitä ja heidän vastauksensa on tallennettu nimettöminä tietoturvalliseen tietokantaan. Tutkijat analysoivat aineistoa ja julkaisevat tieteellisiä artikkeleita tutkimustuloksista. Tutkijat olisivat kuitenkin pulassa ilman henkilöä, joka huolehtii aineistosta ja jakaa heille tarvittavat tiedot oikeassa muodossa.

Binu Mathew, bioinformaatikko ja datamanageri (aineistovastaava) on keskeinen työntekijä Fin-HIT-ryhmässä. Hän sai juuri valmiiksi toisen maisterintutkintonsa maaliskuun lopussa, onneksi olkoon! Nyt Binu kertoo, miten hän päätyi Fin-HIT-ryhmään ja mitä hänen tehtäviinsä kuuluu.

Hei Binu, kerrotko vähän taustastasi, mitä teit ennen Folkhälsanille tuloa?

Olen kotoisin Intiasta, jossa suoritin kandidaatin tutkinnon bioteknologiasta. Vuonna 2009 muutin Linköpingiin Ruotsiin opiskellakseni biologiaa (molekyyligenetiikkaa ja fysiologiaa). Maisteriksi valmistumisen jälkeen vuonna 2011 sain töitä biokemian laboratoriosta, mutta samaan aikaan aloin tehdä ohjelmointia omasta kiinnostuksesta – koin koodauksen hyvin kiehtovaksi. Päätin jatkaa opintoja bioinformatiikan parissa. Turun yliopisto tarjosi siihen oivan mahdollisuuden terveysteknologian ja biotieteiden maisteriohjelmassaan. Niinpä muutin Ruotsista Suomeen vuonna 2016. Voin sanoa, että todella pidän kummastakin Pohjoismaasta.

Milloin aloitit Folkhälsanilla?

Liityin Fin-HIT-ryhmään Folkhälsanin tutkimuskeskuksessa maaliskuussa 2020, juuri ennen koronaepidemian alkua. Valitettavasti olemme työskennelleet pääosin etänä kahden viime vuoden aikana ja asun edelleen Turussa, mutta onneksi meillä on säännölliset etäkahvitauot ylläpitääksemme hyvää ryhmähenkeä.

Mitkä ovat työtehtäväsi?

Pääasialliset työtehtäväni ovat aineistonhallinta sekä aineiston analysointi, erityisesti mikrobiomianalyysit. Toisin sanoen kaikki kerättyyn aineistoon liittyvät tehtävät kuuluvat minulle, kuten tutkijoiden aineistopyynnöt. Tällä hetkellä tämä käsittää pääasiassa oman ryhmämme tutkijoita, mutta tulevaisuudessa yhä enenevässä määrin tutkijoita ympäri maailmaa, sillä käynnistämme aktiivisesti yhteistyötä uusien tutkimusryhmien kanssa. Tutkimuksen toinen aktiivinen seurantavaihe on parhaillaan käynnissä, mikä myös työllistää minua jonkin verran. Pidän huolta siitä, että oikeat henkilöt saavat kutsun oikeaan aikaan, ja seuraan heidän osallistumisaktiivisuuttaan. Lisäksi jos työkaverini tarvitsee apua jossakin bioinformatiikkaan liittyvässä asiassa, teen parhaani auttaakseni häntä.

Mistä pidät eniten työssäsi?

Pidän paljon koodauksesta, erityisesti kun kohtaan uusia haasteita. Haluan jatkuvasti oppia uutta, esim. uusia analyysimenetelmiä, kuten mikrobiomianalyysejä. Arvostan myös ryhmämme hyvää, myönteistä ilmapiiriä, jossa kaikki kannustavat toisiaan.

Entä mikä on haastavinta työssäsi?

Monimutkaiset aineistopyynnöt voivat olla haastavia, mutta toisaalta nautin kaikista uusista haasteista. Joskus aineistosta löytyy virheitä, joiden selvittäminen vie oman aikansa. Mutta lopulta tuntuu tosi hyvältä, kun olen saanut ongelman ratkottua. Sitä voi verrata palapelin tekemiseen; on hienoa, kun on saanut kaikki palaset loksahtamaan omille paikoilleen.

Miten näet Fin-HIT:in tulevaisuuden ja oman roolisi siinä?

Fin-HIT on todella laaja aineisto, jolla on valtavasti mahdollisuuksia. Tällä hetkellä keskitymme bakteereihin, mutta mielestäni olisi kiinnostavaa tutkia myös muita pieneliöitä kuten viruksia ja sieniä (Fungi). Oma roolini tulee olemaan sama kuin tähänkin asti, eli vastaan aineistonhallinnasta ja teen analyysejä. Pidän kovasti työstäni, ja niin pitkään, kun nautin siitä, mitä teen, isotkaan haasteet eivät tunnu liian raskailta.

Kiitos oikein paljon Binu!

 

Bioinformatiker och datamanager Binu är forskarnas högra hand som njuter av utmaningar

Fin-HIT-undersökningen har samlat in stora mängder data alltsedan starten år 2011. Tusentals barn och föräldrar har fyllt i frågeformulär och deras svar har sparats anonymt i en datasäker databas. Forskarna analyserar datamaterialet och publicerar vetenskapliga artiklar om forskningsresultaten. Forskarna skulle ändå vara i blåsten utan en person som tar hand om datamaterialet och ger ut det åt dem i rätt format.

Binu Mathew, bioinformatiker och datamanager (datahanterare) är en central person i Fin-HIT-gruppen. Han slutförde precis sin andra magisterexamen i slutet av mars, stort grattis! Nu berättar Binu om hur han kom till Folkhälsan och vad hans arbete går ut på.

Hej Binu, vill du berätta lite om din bakgrund, vad gjorde du innan du kom till Folkhälsan?

Jag kommer ursprungligen från Indien, där jag avlade en kandidatexamen i bioteknologi. År 2009 flyttade jag till Linköping i Sverige för att studera biologi (molekylgenetik och fysiologi). Efter att ha blivit färdig magister år 2011 fick jag jobb på ett biokemilaboratorium, men samtidigt började jag programmera av eget intresse – jag kände mera passion för kodning. Jag bestämde mig för att fortsätta mina studier inom bioinformatik. Åbo universitet (Turun yliopisto) erbjöd en fin möjlighet till det inom magisterprogrammet för hälsoteknologi och biovetenskaper. Alltså flyttade jag från Sverige till Finland år 2016. Jag kan säga att jag faktiskt tycker om de båda nordiska länderna.

När började du på Folkhälsan?

Jag kom med i Fin-HIT-gruppen vid Folkhälsans forskningscentrum i mars 2020, precis innan coronaepidemin började. Tyvärr har vi jobbat huvudsakligen på distans under de två senaste åren och jag bor fortfarande i Åbo. Som tur har vi ändå regelbundna distanskaffepauser för att upprätthålla den fina arbetsgemenskapen.

Vilka är dina arbetsuppgifter?

Mina huvudsakliga arbetsuppgifter går ut på datahantering och -analyser, särskilt mikrobiomanalyser. Med andra ord uppgifter som har att göra med det insamlade datamaterialet hör till mig, såsom forskarnas databegäran. För tillfället gäller det i huvudsak forskare i vår egen grupp men i framtiden mer och mer forskare runtom i världen, eftersom vi aktivt inleder samarbete med nya forskningsgrupper. Undersökningens andra aktiva uppföljningsfas pågår som bäst, vilket också håller mig sysselsatt. Jag ser till att rätt personer får en inbjudan vid rätt tidpunkt och jag följer med deltagarprocenten. Om en kollega behöver hjälp med något som har med bioinformatik att göra, ställer jag också gärna upp.

Vad är det bästa med ditt arbete?

Jag tycker mycket om att koda, speciellt om jag stöter på nya utmaningar. Jag vill hela tiden lära mig nytt, t.ex. nya analysmetoder såsom mikrobiomanalyser. Jag uppskattar också den goda, positiva atmosfären i gruppen, där alla stöder varandra.

Vad är det mest utmanande i ditt arbete?

En komplicerad databegäran av en forskare kan vara utmanande, men å andra sidan njuter jag av alla nya utmaningar. Ibland hittar vi fel i datamaterialet och det kan ta länge att reda ut var felet ligger. Men slutligen känns det jättebra, då jag lyckats lösa problemet. Man kan jämföra det med att lägga pussel; det är fint att få alla pusselbitar på sin plats.

Hur ser du Fin-HIT:s framtid och din egen roll?

Fin-HIT är ett väldigt stort datamaterial med mycket potential. För tillfället fokuserar vi på bakterier, men jag tycker det skulle vara intressant att också undersöka andra mikroorganismer såsom virus och svampar (Fungi). Min roll kommer att vara den samma som hittills, dvs. jag ansvarar för datahanteringen och gör analyser. Jag njuter av mitt jobb och så länge jag gör det, känns inga utmaningar för betungande.

Tack så mycket Binu!

 

Bioinformatician and data manager Binu is the researchers’ right-hand man who enjoys challenges

The Fin-HIT study has collected a lot of data since its start in 2011. Thousands of children and parents have filled in questionnaires and all the answers are stored anonymously in a secure database.  Researchers analyze that data and publish scientific articles about the results. However, the researchers would be lost without a person taking care of all the data and delivering it to them in the right format.

Binu Mathew, bioinformatician and data manager, is a crucial member of the Fin-HIT team. He just got his second master’s degree at the end of March, congratulations! Let’s hear about how he ended up working for Fin-HIT and what his tasks include.

Hi Binu, what is your background, what did you do before you came to Folkhälsan?

I come from India where I studied biotechnology for a bachelor’s degree. In 2009, I moved to Linköping, Sweden, to study biology (molecular genetics and physiology). After finishing my master’s degree in 2011, I joined a biochemistry lab, but also started doing programming for curiosity – I felt that I was more passionate in coding. I decided to continue my studies within bioinformatics, and the University of Turku offered a great opportunity for that, with a master’s program in digital health and life sciences. Thus, I left Sweden for Finland in 2016. I really like both the Nordic countries.

When did you start at Folkhälsan?

I joined the Fin-HIT group at Folkhälsan Research Center in March 2020, just before the covid pandemic started. Unfortunately, we have been working mostly remotely during the past two years and I still live in Turku, but luckily, we have had regular online coffee breaks to keep up the good spirit in the group.

What are your work tasks in the Fin-HIT group?

My main work tasks include data management and data analysis, especially microbiome analysis. In other words, all data related things belong to me, like data requests from researchers. Right now, this mainly concerns researchers in our own group, but in the future even more researchers around the world, as Fin-HIT is actively initiating collaboration with new research groups. The second active follow-up is currently ongoing, which also requires my input in terms of making sure the right people are invited to participate at the right time as well as calculating response rates. And finally, if a group member needs support with other bioinformatics related tasks, I will also do my best to help.

What do you like the most in your work?  

I like coding a lot, especially when I get new challenges. I want to learn more, e.g. new analysis methods, like microbiome analysis. I also appreciate the good positive environment in our group, where everybody supports each other.

What is most demanding in your work?

Complicated data requests might be demanding, but at the same time, I enjoy all new challenges. Sometimes, there are errors in the data and you need some time to find them. However, the feeling after solving a problem is really good. It is like a jigsaw puzzle, to get all the pieces on their right places – I really like it.

How do you see Fin-HIT’s future and your own role in it?

The Fin-HIT study has huge data with great potential. Currently, we are focusing on bacterial level only, but there are also other microorganisms, like virus and fungi, which we could add to the analyses in the future. My role will be same: analyses and data management. I enjoy my work, and as long as I do so, no challenge will be too tough.

Thank you very much, Binu!